Muzeum ma przedstawiać najważniejsze wątki polskiej historii - państwa i narodu - ze szczególnym uwzględnieniem tematyki wolności - procesów kształtowania i funkcjonowania parlamentaryzmu, instytucji i ruchów obywatelskich, walki o wolność i niepodległość. Obejmuje to m.in. mechanizmy funkcjonowania republiki szlacheckiej, powstania narodowe, dzieje "Solidarności" i dwukrotną odbudowę niepodległej Rzeczypospolitej.
Przesłanie Muzeum Historii Polski musi być bardziej uniwersalne, a ośmielam się sądzić, że także prawdziwsze. Tradycja walki o naszą i waszą wolność musi być w nim równie ważna, jak często lekceważona i spychana na margines tradycja umiejętnego zagospodarowywania wolności.
„Wielkie znaczenie dla zbiorowej pamięci ma np. Muzeum Powstania Warszawskiego, ale to tylko jeden punkt, głównie w historii Warszawy, a Polski w mniejszym stopniu. Musimy mieć Muzeum Historii Polski, które pokaże bardzo trudną drogę dziejową kraju i pokaże, jak na tle tych trudności Polska wygląda w Europie.”
Centrum Badania Opinii Społecznej przeprowadziło w dniach 16 - 21 marca 2006 roku ogólnopolskie, reprezentatywne badania całości populacji dorosłych Polaków (próba licząca 1072 osoby) dotyczące m. in. opinii na temat celowości powstania tej instytucji oraz preferowanych rozwiązań ekspozycyjnych.