Celem działalności badawczej Muzeum jest stymulowanie debaty i syntetycznych oraz interdyscyplinarnych badań nad dziejami Polski.

 
Oznacza to organizację konferencji i seminariów naukowych, dotyczących kluczowych zagadnień historii Polski, reedycję klasycznych prac historycznych i publikacje źródłowe, publikacje nowych tekstów najznamienitszych polskich historyków, wreszcie – inicjowanie projektów badawczych, realizowanych w porozumieniu z instytutami naukowymi i uniwersytetami.
Muzeum realizuje intensywny program współpracy zagranicznej – w tym podróże studyjne – i jest współorganizatorem I Kongresu Zagranicznych Badaczy Dziejów Polski. Ponadto oferuje program stypendialny dla młodych naukowców z zagranicy, badających historię Polski.

DZIAŁ EDUKACYJNY
Muzeum realizuje projekty edukacyjne poprzez współpracę ze szkołami i instytucjami kultury oraz bezpośrednie kontakty z młodzieżą. W program jego działań wpisane są konkursy historyczne, szkolenia dla nauczycieli, gry edukacyjne, a także wydawnictwa edukacyjne (materiały dydaktyczne, teczki edukacyjne) przeznaczone dla nauczycieli i uczniów. Nie zabraknie również wykładów otwartych i dyskusji wokół inspirujących wydarzeń historycznych. Z chwilą wybudowania stałej siedziby Muzeum będzie prowadzić lekcje muzealne.

Istotnym zamierzeniem Muzeum jest stworzenie nowoczesnego portalu internetowego, który ma się stać ważnym forum dla miłośników historii, jak również wartościową pomocą w pracy akademickiej i dydaktycznej. Na naszych stronach internetowych są już dostępne takie narzędzia, jak wyszukiwarka filmów historycznych oraz kalendarz historyczny z komentarzami wybitnych uczonych. Wkrótce udostępnimy multimedialną bibliografię czasopism historycznych i cyfrowy korpus źródeł do dziejów Polski.

Ważnym elementem działalności Muzeum są także projekty popularyzatorskie. Mają one zbierać i upowszechniać w atrakcyjnej formie treści mniej znane szerszej publiczności lub rozproszone w wielu miejscach. Zrealizowaliśmy już kilka filmów i programów dokumentalnych, okolicznościowe wystawy i happeningi oraz publikacje multimedialne i książkowe. Oprócz popularyzacji historii politycznej, gospodarczej czy historii kultury realizujemy projekty dotyczące dziejów obyczajowości, mody i kuchni.